Ústredné štátne orgány vzniesli voči návrhu dokumentu z dielne Ministerstva školstva 82 pripomienok, zásadných bolo 16.
Najviac - 23 malo ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny, ktoré nesúhlasí, aby sa náboženská výchova vyučovala na základných a stredných školách ako povinne voliteľný predmet. Podľa rezortu školstva sa bude náboženstvo vyučovať ako povinne voliteľný predmet v alternácii s etickou výchovou a žiaci si tak budú môcť vybrať. Zmluva o etike však explicitne nehovorí. V súčasnosti sa už náboženstvo vyučuje ako povinne voliteľný predmet na druhom stupni základných škôl a v prvom a druhom ročníku stredných škôl.
Pripomienky jednotlivých rezortov sa týkajú aj zriadenia Katolíckeho pedagogického a katechetického centra, ktoré by malo zabezpečovať odborné a metodické riadenie katolíckych škôl, ako i odborné vzdelávanie ich zamestnancov. Ročné náklady na centrum s celoslovenskou pôsobnosťou, v ktorom bude pracovať 32 zamestnancov, predstavujú vyše 12,5 milióna korún ročne.
Podľa zmluvy Slovensko uznáva právo Katolíckej cirkvi na zriaďovanie a riadenie vlastných škôl, ktorým sa poskytuje finančné zabezpečenie v rovnakom rozsahu, ako ho majú štátne školy.
Návrh zmluvy o katolíckej výchove a vzdelávaní vypracovali rezort školstva a katolícki biskupi so Svätou stolicou. Zmluvné strany sa súčasne zaväzujú, že s ohľadom práva občanov na informácie budú podporovať šírenie poznatkov o histórii a poslaní Katolíckej cirkvi a jej prínosu pre rozvoj vedy, kultúry, umenia a mravných hodnôt aj vo vysielaní verejnoprávnych informačných prostriedkov.
