O účinnosti kontroly SIS sa hovorí od jej vzniku. Problémom je najmä zneužívanie tajnej služby na stranícke či osobné záujmy. Za Mečiarovej vlády mala opozícia problém dostať svojich ľudí do parlamentného výboru, ktorý dohliada na činnosť SIS. Aj keď poslanci majú právo dozerať na tajnú službu, v skutočnosti sa dostanú len k tomu, čo im služba umožní.
Pochybnosti o zneužívaní SIS a nelegálnom odpočúvaní boli aj v rokoch 1998 a 2002. Výbor na kontrolu SIS dostal aj podnety od občanov, že sú odpočúvaní. Vladimír Mitro začiatkom roka hovoril, že tajná služba sa podnetmi zaoberá. Sťažovali sa aj opoziční poslanci, ale vyšetrovacie orgány sa ku konkrétnym výsledkom nikdy nedopracovali.
Debata o kontrole SIS sa najnovšie obnovila pri zistení vojenskej prokuratúry, že SIS nelegálne odpočula rozhovor redaktora SME a šéfa ANO Pavla Ruska. (sp)