Tri z nich - Cirkev adventistov siedmeho dňa, Kresťanské zbory a Náboženská spoločnosť Jehovovi svedkovia - si neuplatňujú nároky na financovanie zo štátneho rozpočtu. Zvyšných dvanásť cirkví dostalo v roku 2000 spolu 517 miliónov Sk, určených na platy duchovných a čiastočne na prevádzku ich ústredí.
Štát má povinnosť financovať cirkvi na základe zákona ešte z roku 1949. Kým za minulého režimu štát limitoval počty duchovných, po novembri 1989 sa situácia zmenila. Zákon z roku 1991 dal cirkvám v súlade s Listinou základných práv a slobôd plnú náboženskú slobodu, vrátane práva samostatne si určovať počty duchovných. V dôsledku toho sa však s narastajúcim počtom duchovných z roka na rok zvyšuje aj nárok na prostriedky zo štátneho rozpočtu. A to aj napriek tomu, že počty duchovných zväčša ešte stále nedosiahli ani stavy z roku 1948.
V súčasnosti sa hľadá nový model financovania cirkví a existujú tri alternatívy riešenia. Podľa prvej by cirkvi dostávali stanovený príspevok na jedného veriaceho. Počet občanov, ktorí sa hlásia k jednotlivým cirkvám, sa zistí podľa aktuálneho sčítania ľudu v tomto roku. Druhou alternatívou je, že sa stanoví počet duchovných osobitne pre každú cirkev, ktorým štát bude aj naďalej poskytovať finančné prostriedky na platy. Cirkvi pritom môžu mať aj viac duchovných ako bude stanovené, ich platy by však museli financovať z vlastných zdrojov. Treťou možnosťou je daňová asignácia. Znamená to, že každý daňový poplatník by sa rozhodol, či stanovenú časť zo svojej dane poskytne ako príspevok jednej z registrovaných cirkví alebo na ochranu kultúrnych pamiatok.
Doterajšie rokovania medzi predstaviteľmi Ministerstva kultúry SR a cirkví ukazujú, že obidve strany sa prikláňajú k druhej alternatíve, t.j. stanoveniu počtu duchovných pre každú cirkev podľa počtu veriacich a ďalších špecifík.
