Ako vyplýva zo správy o činnosti SIS za uplynulý rok, zo získaných spravodajských informácií je zrejmé, že teroristické organizácie napojené na sieť al-Kájdy zvyšujú svoje aktivity, aj s dosahom na záujmy a teritórium Slovenska.
SIS v roku 2003 získala informácie o pôsobení osôb blízkych islamským extrémistickým organizáciám na území SR. Zaznamenané a monitorované boli kontakty na Salafistickú skupinu pre kázanie a boj (GSPC), na palestínsky Hamas, na libanonský Hizballáh, na separatistický Slobodný a demokratický kongres Kurdistanu (KADEK, bývalá organizácia PKK) a na extrémistickú skupinu Hizb at-Tahrír. O rizikových aktivitách súvisiacich s terorizmom SIS pravidelne informovala Bezpečnostný úrad NATO. SIS upozornila aj na zvýšené bezpečnostné riziká plánovaných oficiálnych návštev slovenských ústavných predstaviteľov v teroristicky ohrozených krajinách, ako je Indonézia a Turecko.
V rámci kontrarozviedkovej ochrany SR pokračovala SIS v odhaľovaní činnosti cudzích spravodajských služieb, ktoré aktívne pôsobili na našom území. Išlo najmä o spravodajské služby krajín bývalého ZSSR a KĽDR.
Záujem spravodajských služieb krajín bývalého ZSSR smeroval k prenikaniu do riadiacich kruhov strategických a bezpečnostných rezortov v SR a bol motivovaný najmä úspechmi integrácie Slovenska do EÚ a do NATO. Konkrétnym výsledkom úspešnej kooperácie boli okrem iného poznatky o aktivitách diplomata z krajiny SNŠ, ktoré boli v rozpore s jeho štatútom. Na základe získaných informácií ho koncom apríla 2003 vypovedali z územia SR. V roku 2004 sa podarilo zadokumentovať aktivity ďalšieho diplomata z tohto teritória, ktoré boli v rozpore s jeho diplomatickým štatútom a preto bol nútený opustiť SR.
SIS aj naďalej spravodajsky monitorovala aktivity spravodajskej služby KĽDR a jej snahy o nákup vojenskej techniky, resp. materiálov dvojakého určenia, prípadne snahy o tranzit takýchto materiálov cez územie SR.
