Všetci traja sa obrátili na ÚS, aby preskúmal platnosť uznesenia NR SR, podľa ktorého im vypršalo funkčné obdobie. V žiadosti uviedli, že parlament svojím uznesením porušil ich právo zúčastňovať sa na správe verejných vecí, ústavné právo na slobodný a rovnaký prístup k voleným a verejným funkciám. Zároveň žiadali, aby ÚS vydal predbežné opatrenie, ktorým pozastaví vykonateľnosť uznesenia NR SR, v čom im ÚS vyhovel. V konaní pred ÚS bude sťažovateľov zastupovať bývalý ústavný sudca Tibor Šafárik.
Podľa Ústavy SR a zákona o NKÚ bolo funkčné obdobie predsedu a dvoch podpredsedov 5 rokov. Novela ústavy z roku 2001 a zákona však zmenila dĺžku funkčného obdobia až na sedem rokov. Novely nestanovujú prechodné ustanovenia, v ktorých by sa hovorilo, že funkčné obdobie sa nevzťahuje na terajších predstaviteľov NKÚ. Stahl, Borisová a Malý požiadali ÚS, aby rozhodol o súlade uznesenia NR SR s platnou legislatívou, pretože podľa ich názoru im ich funkčné obdobie v zmysle novelizácie trvá sedem rokov od menovania, teda až do roku 2006.
Okrem zrušenia uznesení NR SR požaduje Jozef Stahl primerané finančné zadosťučinenie vo výške dva milióny korún a Borisová s Malým po
500 000 korún.