Minister vnútra Robert Kaliňák za roky svojho pôsobenia zažil viacero káuz, no nepoložila ho ani jedna.
Spoliehať sa pritom mohol na ústretovosť vyšetrovateľov, ktorí sú jeho podriadení, či vládnych poslancov, ktorí ho pri odvolávaniach podržali.

1. Kovošrot
Prvá kauza spájaná s Robertom Kaliňákom sa objavila ešte skôr, než sa stal ministrom vnútra. Zadlžená firma Kovošrot v roku 2000 sama na seba podala návrh na konkurz, pričom jej hodnota bola 51 miliónov korún.
Prvé kolo konkurzu zrušil správca konkurznej podstaty Peter Szivós napriek tomu, že jedna spoločnosť ponúkla práve takúto sumu. V nasledujúcej verejnej súťaži predal podnik spoločnosti Krupp za cenu o polovicu nižšiu, len za 25 miliónov korún. Iná spoločnosť pritom ponúkla 30 miliónov.
Konateľom spoločnosti Krupp bol aj Kaliňák. Minister vnútra sa bráni tým, že kauzu preverovala polícia a nezistili žiadne porušenie zákona.

2. Hedviga Malinová
Vysokoškoláčku maďarskej národnosti Hedvigu Malinovú (dnes Žákovú) údajne v roku 2006 napadli v Nitre dvaja muži preto, lebo telefonovala po maďarsky.
Minister vnútra Robert Kaliňák pár týždňov po útoku oznámil, že Malinová si útok vymyslela. Vyšetrovanie sa však po tomto vyhlásení ťahalo ešte dlhé roky.
Žákovú nakoniec v roku 2014 obžalovali z krivej výpovede. Jej prípad prebralo začiatkom tohto roku Maďarsko, kde má Žáková teraz občianstvo.