Ivan Lexa patril k najbližším spolupracovníkom prvého premiéra samostatného Slovenska Vladimíra Mečiara. Pôsobil vo funkcii štátneho tajomníka ministerstva privatizácie (do funkcie ministra ho odmietol vymenovať prezident Michal Kováč) a od roku 1995 sa stal na Mečiarov popud šéfom Slovenskej informačnej služby (SIS).

Po voľbách v roku 1998 Mečiar padol. Správa nového riaditeľa SIS Vladimíra Mitra prednesená v parlamente konštatovala, že tajná služba za Lexovej éry nezákonne sledovala novinárov a opozičných politikov, podieľala sa na únose prezidentovho syna Michala Kováča do Rakúska a bola zapletená do ďalších nelegálnych činností ako napríklad kauza triptychu Klaňanie sa troch kráľov.
Národná rada SR zbavila poslanca HZDS Ivana Lexu imunity a vydala ho na trestné stíhanie, 15. apríla 1999 nastúpil do vyšetrovacej väzby. Strávil v nej tri mesiace. Z väzenia ho najskôr premiestnili do nemocnice v Trenčíne, vraj pre zhoršujúci sa zdravotný stav. Po prepustení sa už neobjavil v parlamente, pretože bol práceneschopný a zdržiaval sa na neznámom mieste.
Jeden z jeho obhajcov Svetozár Chabada médiám povedal, že kolúzna väzba „spôsobila Lexovi vážne zdravotné problémy s krvným tlakom, ako aj s praskaním ciev na dolných končatinách, čoho príčinou bol nedostatok pohybu“.
Film ukryl v kroví
„V poslednú júlovú nedeľu som prišiel do redakcie ráno o ôsmej. Tu sme dostali tip, že Ivan Lexa by mohol byť na svojej chate v Senci na Slnečných jazerách. Tak sme sa tam s reportérom Richardom Filipkom vybrali,“ spomína bývalý fotograf denníka SME Marek Velček.