V roku 1993 pilot bombardéra SU 22 na základni Malacky - Kuchyňa počas nácviku akrobacie na leteckú prehliadku stratil kontrolu nad strojom a musel sa katapultovať. Lietadlo po páde na zem vybuchlo a pri požiari sa zranil vojak základnej služby. Na leteckej základni Sliač sa rozbila v rovnakom roku stíhačka SU 25 priamo na dráhe.
Pilot Horník nehodu cvičného lietadla L29 v roku 1995 neprežil. Zrútil sa vo vojenskom priestore Zalubica pri Kežmarku.
Počas leteckej šou 17. júla 1996 sa vplyvom turbulencie zrazili dva Biele Albatrosy. Piloti jedného z nich - pplk. Ing. Marián Sakáč a kpt. Ing. Róbert Rozenberg sa včas katapultovali, pilot druhého - mjr. Ing. Peter Fianta pristál s vážne poškodeným strojom.
V roku 1997 nad Zvolenom lietal vojenský pilot na Migu 29 s vážnou poruchou. Nakoniec sa mu úspešne podarilo núdzovo pristáť.
Mjr. Luboš Novák, člen akrobatickej skupiny Biele Albatrosy 3. júna 2000 havaroval na sliačskom letisku pri zrkadlovom vzostupe a následnom strmhlavom lete na lietadle L-39Z Albatros. Pravdepodobne pre technickú poruchu nezvládol svoje lietadlo a spadol kolmo na zem. Lietadlo sa potom dva razy od zeme odrazilo a vybuchlo. Pilot po páde zahynul.
Cvičné prúdové vojenské lietadlo Albatros L-39 z vojenskej základne Sliač sa zrútilo 14. septembra 2000 v katastri obce Ožďany neďaleko Rimavskej Soboty. Pilot sa však pred dopadom na zem katapultoval a neutrpel žiadne zranenia. Počas cvičného letu vo výške 500 až 1000 metrov prestal pilotovi fungovať motor. Ten sa pokúsil motor opätovne naštartovať a keď sa mu to nepodarilo, nasmeroval lietadlo do neobývanej zóny a katapultoval sa. Lietadlo po dopade na zem vybuchlo.
Na leteckej základni v Prešove 14. marca 2001 spadol pri pristávaní vrtuľník Mi-17 z výšky piatich metrov na letiskovú plochu. Po dopade začal horieť, ale požiar sa do desiatich minút podarilo uhasiť. Nikto z členov posádky nebol zranený. Pravdepodobnou príčinou pádu vrtuľníka bola technická porucha.
Pri rolovaní na štart 19. júna 2002 začalo horieť lietadlo Mig 29 na základni Sliač. Pilot lietadlo včas opustil, požiar spôsobila technická porucha.
Letecká nehoda sa stala aj 29. októbra 2002, keď poldruha kilometra od obce Kalša v okrese Košice-okolie spadlo pri pristávaní lietadlo typu L-39 Albatros. Na jeho palube boli dve osoby, maďarskí štátni príslušníci, ktorí sa katapultovali. Inštruktor i pilot boli príslušníkmi maďarských vzdušných síl, ktorí boli na Slovensku na výcviku vo Vojenskej leteckej akadémii v Košiciach.
Ďalšia letecká nehoda sa stala 6. novembra 2002 o 20:40, keď havarovali dve vojenské lietadlá typu Mig 29 v katastri obci Spišské Tomášovce v okrese Spišská Nová Ves v povodí rieky Hnilec v Studenej doline. Piloti sa katapultovali, jeden z nich zahynul. Lietadlá dopadli do neobývanej oblasti. Obe lietadlá boli na plánovanom nočnom lete.
Na Štedrý deň roku 2002 havaroval vrtuľník Mi -17 pri Novom Travniku v Bosne a Hercegovine. Stroj zachytil drôty vysokého napätia, čo spôsobilo jeho pád. Pri havárii sa zranili všetci traja členovia posádky. Vrtuľník patril jednotke KFOR v Bosne a Hercegovine v rámci operácie SFOR.
O vrtuľník typu Mi-17 prišli Ozbrojené sily SR 9. októbra 2003 krátko po poludní, keď sa zrútil pri obci Pušovce v Prešovskom okrese. Išlo doposiaľ o najtragickejšiu nehodu, pretože si vyžiadala životy štyroch vojakov.
Pri plánovanom cvičnom lete havaroval 10. mája 2005 o 21:30 pri letisku Ražňany južne od Sabinova vrtuľník Mi 24D. Pri nešťastí zahynuli traja členovia posádky - prvý pilot, 39-ročný major Imrich Gonda, druhý pilot 37-ročný major Vladimír Rišian a 24-ročný palubný technik rotmajster Mikuláš Ragáň.
