Hlavný nápor dunajských vôd zachytáva čunovská priehrada. V súčasnosti delí prietok takmer na polovicu do prívodného kanála a starého koryta. Z prívodného kanála potom vodu zachytáva priehrada v Gabčíkove. Cez hydroelektráreň dnes popoludní pretekalo 3700 cm3/s. V celom tomto regulovanom úseku Dunaja nehrozia žiadne povodne.
Rozdelený Dunaj spôsobuje problémy až v spoločnom koryte pri Komárne a Štúrove. Prakticky všetka voda, ktorá z horného toku pritečie, odteká do Maďarska. Denudačné oblasti na slovenskom spodnom toku Dunaja sú vodou preplnené. Prívalové vlny môžu spôsobiť problémy už aj v hlavnom meste Budapešti.
