Nerešpektovanie princípov samosprávy vidí ZMOS najmä v ustanoveniach návrhu zákona o programoch hospodárskeho a sociálneho rozvoja, ktoré siahajú na samosprávnosť a princíp subsidiarity - teda na rešpektovanie právomocí organizačne nižších úrovní. Orgánom štátnej správy umožňuje návrh zákona regulovať život obcí, miest aj krajov inými nástrojmi, než len zákonmi, tvrdí. Podľa ZMOS by právo územnej samosprávy na slobodné rozhodovanie o rozvoji jej územia malo ostať zachované. Ciele štátu v tejto oblasti by sa mali zabezpečovať ekonomickými prostriedkami. Rozvojové programy obcí, miest, krajov i štátu by nemali vznikať centralisticky. ZMOS má tiež výhrady k viacerým formuláciám a pojmom v návrhu. Upozorňuje, že návrh zákona sa v niektorých prípadoch opiera o všeobecne záväzné právne predpisy ministerstva výstavby. Tie však pri výkone originálnych pôsobností obcí nie sú záväzné. Povinnosti totiž možno samospráve uložiť len zákonmi.
Pri príprave nového zákona ZMOS žiada MVRR o zosúladenie jeho textu s Ústavou SR, kompetenčným zákonom a princípmi reformy verejnej správy. Ako totiž tvrdí, “imperatívnosť ustanovení a centralizácia v rozhodovaní zakladá riziko politického dosahu na autonómne rozhodovanie obcí a financovanie“. ZMOS sa chce zúčastniť na ďalších rokovaniach o dopracovaní návrhu zákona, prípadne jeho najspornejších častí.
K návrhu zákona má vážne výhrady aj Únia miest Slovenska. Svoje stanovisko poslala ministrovi výstavby a regionálneho rozvoja Marianovi Januškovi. Únia upozornila, že výhrady k návrhu predložila ešte počas rokovania o jeho podobe.
