HPI má výhrady voči rušeniu transformácie štátnych nemocníc na akciové spoločnosti. Ako upozornil Szalay, transformácia podľa súčasnej úpravy neznamenala zmenu vlastníckych vzťahov, iba zmenu právnej formy. Akciové spoločnosti pritom dokážu efektívnejšie hospodáriť, pretože nemajú mäkké rozpočtové obmedzenia, vedú štandardné účtovníctvo a vyššiu zodpovednosť v hospodárení aj pri poskytovaní zdravotnej starostlivosti. Bez transformácie do nemocnice nemôže vstúpiť súkromný investor a zdravotnícke zariadenia tak podľa Szalaya nemôžu dostať financie na vlastný rozvoj. Ako Szalay upozornil, aj podľa v súčasnosti platnej právnej úpravy podiel štátu v zdravotníckych zariadeniach nesmie klesnúť pod 51 % a štát si tak zachováva kontrolu v nemocniciach.
Problémy vidí HPI aj v zamýšľanom centrálnom registri zdravotných údajov. Podľa plánov ministerstva má obsahovať celú zdravotnú dokumentáciu každej osoby, teda aj cudzincov, ktorí sa zdržiavajú na Slovensku. Celú databázu má spravovať Národné centrum zdravotníckych informácií (NCZI). Podľa HPI však ide o citlivé údaje, pri ktorých hrozí zneužitie a je otázne, či je NCZI technicky pripravené na zvládnutie takej rozsiahlej databázy a na jej ochranu. "Zavádzanie elektronického systému eHealth sa navyše nedá robiť zmenou dvoch odsekov v zákone. Celá problematika eHealth potrebuje predovšetkým jasnú koncepciu a celkovú legislatívnu úpravu," skonštatoval Szalay. Ako upozornil, dopadová analýza navyše uvádza nulové dopady na štátny rozpočet. Vybudovanie registra však bude stáť rádovo miliardy korún.
Nejasnosti panujú podľa HPI aj v navrhovanej rajonizácii, ktorou chce ministerstvo docieliť, aby lekár nemohol odmietnuť pacienta, ktorý bude mať trvalé bydlisko v jeho obvode. Podľa HPI však ministerstvo popiera tento zámer, keď v zákone necháva možnosť lekárovi odmietnuť pacienta, ak by jeho prijatím do evidencie prekročil svoje únosné pracovné zaťaženie. Návrh navyše nehovorí, čo s lekármi, ktorí nebudú mať svoj rajón. Nešpecifikujú sa ani základné podmienky, za akých budú vyššie územné celky prideľovať obvody lekárom. To môže podľa Szalaya viesť ku korupcii a kupčeniu s obvodmi a v konečnom dôsledku k uzatvoreniu siete praktických lekárov, pediatrov, stomatológov a gynekológov.
Výhrady má HPI aj k ďalším zmenám, ktoré chce ministerstvo zaviesť. Povinnosť pacientov s každým problémom najprv navštíviť svojho obvodného lekára a až s odporúčacím lístkom od neho mať prístup k špecialistovi, podľa HPI prislúcha do kompetencie zdravotných poisťovní, nemá byť centrálne regulovaná. Očkovanie má prejsť pod kompetenciu Úradu verejného zdravotníctva, pričom však opäť nie sú stanovené podmienky transparentnosti a úrad nemusí brať ohľad na dostupné finančné prostriedky - zdravotné poisťovne, ktoré vakcíny hradia, nemajú mať možnosť zasiahnuť do výberu očkovacích látok. HPI upozornilo aj na nenaplnenú ambíciu zjednodušiť ročné zúčtovanie poistenia. V skutočnosti sa totiž podľa návrhu zjednodušiť nemá, má sa len znížiť počet ľudí, ktorí ho musia podávať.
Problematické je podľa HPI aj zavedenie nových preventívnych prehliadok. Povinnosť pre každé dieťa vo veku 3 a 5 rokov prejsť vyšetrením u logopéda bude znamenať, že ročne prejde ambulanciami logopédov 100 tis. detí, z ktorých väčšina žiadne problémy nemá. Podľa HPI v súčasnosti je sledovanie porúch reči legislatívne ošetrené dostatočne - spadá totiž do pôsobnosti praktického lekára, ktorý pri pravidelných prehliadkach má prípadný problém zachytiť a odoslať dieťa do ambulancie logopéda.
Podobne za neodôvodnený považuje HPI aj dychové testy na prítomnosť helicobactera pylori, baktérie, ktorá žije v tráviacom trakte. Podľa Angeliky Szalayovej z HPI majú túto baktériu v žalúdku dve tretiny obyvateľstva a aj po preliečení sa zväčša opäť infikujú. Baktéria spôsobuje problémy iba pri liečbe žalúdočných vredov, čiže by stačilo vyšetrovať na helicobactera pacientov s vredmi. Ministerstvo chce zaviesť aj preventívnu kolonoskopiu pre pacientov nad 50 rokov, a to každých desať rokov. Podľa Szalayovej je však kolonoskopia, optické vyšetrenie konečníka a hrubého čreva, nákladné a pre pacienta krajne nepríjemné vyšetrenie. Pritom ak má nádor rozpoznateľný kolonoskopiou, už je prítomné aj tzv. okultné krvácanie, na ktoré sa už v súčasnosti majú pacienti preventívne vyšetrovať.
