Nová organizačná štruktúra a poriadok je najdôležitejším bodom dnešného rokovania zastupiteľstva a mali by platiť už od 1. októbra. Predpokladá sa, že zmena organizačnej štruktúry a redukcia počtu zamestnancov zníži výdavky na chod magistrátu približne o dvadsať miliónov korún.
Podľa navrhovanej organizačnej štruktúry vzniknú tri úseky - ekonomiky a majetku, urbanizmu a životného prostredia, služieb obyvateľstvu, na čele ktorých budú stáť riaditelia. Pôvodne sa uvažovalo, že košický útvar hlavného architekta sa začlení do magistrátu, nakoniec však primátor František Knapík presadil, aby útvar aj naďalej ostal samostatným subjektom spadajúcim pod priame riadenie primátora. Zatiaľ je stále otvorená otázka, kto mu bude šéfovať. Hoci konkurz bol vyhlásený, primátor nevymenoval do funkcie hlavného architekta mesta a riaditeľa útvar hlavného architekta žiadneho z troch kandidátov, ktorí vzišli z výberového konania a konkurzu.