Podľa medializovaných informácií je dôvodom Čmilanského rezignácie fakt, že neprešiel bezpečnostnými previerkami Národného bezpečnostného úradu. Nechce byť totiž v jednom rade s nespôsobilými na výkon funkcie. Negatívny výsledok previerky považuje Čmilanský za vyvrcholenie intríg voči svojej osobe, ktoré pociťuje už rok. Pred previerkami mal certifikát o spôsobilosti pracovať s utajovanými skutočnosťami platný do októbra 2003. Napriek tomu požiadal o nové preverenie. Fakt, že previerka skončila negatívne mu oznámil náčelník GŠ SR. Podľa Čmilanského môže ísť o odvetu za to, že zverejnil úlohy vojenskej tajnej služby po vlaňajšom teroristickom útoku na USA.