Vstup Slovenska do NATO je takou dôležitou otázkou verejného záujmu, že by sa o nej mohlo konať referendum. Šesť zo siedmich parlamentných strán však nemá dôvod ľudové hlasovanie iniciovať, ani podporiť, pretože kandidovali s tým, že budú presadzovať členstvo v aliancii. Keďže do NATO môžeme byť prijatí aj bez plebiscitu, k referendu ako k poslednému útočisku sa utiekajú iba tí, čo sú proti členstvu Slovenska v aliancii. Okrem Ševcových komunistov, Malíkovej a Slotových národniarov je to aj bývalý predseda KDH.
Ján Čarnogurský ako disident hlásal, že komunizmus zanikne a rozdelenie Európy sa prekoná, „lebo existuje jedna kresťanská Európa od Atlantiku po Ural“. Pri prekonávaní tohto rozdelenia malo byť Slovensko nápomocné, lebo má svoj východný i západný „vektor“. Z tohto teoretického konceptu odvodil Čarnogurský dôležitý praktický záver: prijatie krajín strednej Európy do NATO nesmie byť príliš rýchle, lebo ich náhle začlenenie do aliancie „by prehĺbilo nedôveru medzi Ruskom a Západom a s veľkou pravdepodobnosťou by viedlo k opevneniu hranice rozdelenej Európy“. Ján Čarnogurský vždy pripomínal, že rozšírenie NATO nesmie postaviť Rusko proti Západu, a preto v januári 1997 ako predseda KDH vyhlásil, že premiér Mečiar, ktorý znemožnil pozvanie Slovenska do NATO v prvom kole rozširovania, „robí správnu politiku, ale nesprávnymi prostriedkami“. Dnes, keď Rusko akceptovalo prijatie troch bývalých sovietskych republík do aliancie, keď má s NATO spoločný orgán, keď spolupracuje so Západom tak, ako nikdy doteraz, je zrejmé, že Čarnogurského výhrady proti rozšíreniu stratili opodstatnenie. Namiesto toho, aby expredseda KDH skonštatoval, že Slovensko už nemá na zdržanlivosť dôvod, hovorí, že referendum potrebujeme preto, lebo členstvo v aliancii nás môže zatiahnuť do medzinárodných konfliktov, ktoré presahujú geopolitický horizont i mocenský potenciál Slovenska.
Ján Čarnogurský vzbudzoval dojem, že zaujíma stanoviská podľa vlastných dôvodov. Dnes to vyzerá tak, že si vyberá dôvody podľa vopred zaujatého stanoviska. Keďže je proti členstvu Slovenska v aliancii, utieka sa k referendu ako k poslednému prostriedku, ktorý ho môže prekaziť.
